COVID-19 waa cudur la is qaadsiiyo oo uu keeno cudurka neef-mareenka daran ee loo yaqaan 'Severe Acute Respiratory Syndrome' Nooca 2. Marka uu qofku qaado cudurka, calaamadaha ugu caansan waxaa ka mid ah qandho, qufac, iyo neefta oo ku dhegta.

Muunada loo isticmaalo baaritaanka waxaa lagu soo qaadi karaa suufka sanka ama sanbabada afka.

Waa maxay PCR?

Habka caadiga ah ee ogaanshaha coronavirus waa falcelinta silsiladda polymerase, PCR.Tani waa hab si weyn loogu isticmaalo bayoolaji molecular.Waxay si dhakhso ah u koobi kartaa malaayiin ilaa balaayiin jajab DNA oo gaar ah.

Coronavirus-ka cusub waxa uu ka kooban yahay genome-ga DNA-ga oo aad u dheer.Si loo ogaado fayrasyadan PCR, molecules RNA waa in loo beddelaa taxane DNA oo dhammaystiran iyadoo loo beddelayo transcriptase, ka dibna DNA-da cusub ee la sameeyay waxaa lagu kordhin karaa hababka caadiga ah ee PCR, oo loo yaqaan RT-PCR.

Habka RT-PCR

soo saarida RNA

Si loo sameeyo habkan, fayraska RNA waa in asal ahaan la soo saaro.Xirmooyinka sifaynta RNA ee kala duwan ayaa loo isticmaali karaa kala soocid ku habboon, degdeg ah oo waxtar leh.

Si aad u soo saarto fayraska RNA adoo isticmaalaya xirmo ganacsi, marka hore ku dar muunada tuubada microcentrifuge ka dibna ku qas kaydiyaha lysis.Badbaadintani aad bay u diidday waxayna badanaa ka kooban tahay phenol iyo guanidine isothiocyanate.Intaa waxaa dheer, horjoogayaasha RNase waxay caadi ahaan ku jiraan lysis buffer si loo hubiyo in la go'doomiyo RNA fayraska aan qummanayn.

Ka dib markaad ku darto lysis baffer, ku rogo tuubada isku dhafka garaaca wadnaha oo ku dheji heerkulka qolka.Fayrasku markaa waxa lagu liibaadhayaa xaalado aad u diiddan oo ay bixiso lysis kaydiyaha.

Ka dib marka muunada la nadiifiyo, tuubo centrifuge ah ayaa loo isticmaalaa habka nadiifinta.Muunada waxaa lagu shubaa tuubada centrifuge ka dibna bartamaha ayaa la saaraa.

Habkani waa hab adag oo soo saarid weji kaas oo wajiga taagan uu ka kooban yahay matrix gel silica.

Marka la eego xaaladaha cusbada ugu fiican iyo pH, molecules RNA waxay ku xidhaan xuubka silica.

Isla mar ahaantaana, borotiinka iyo wasakhowga kale waa la saaraa.

Ka dib markii sentrifuugista, ku rid tuubada centrifuge tuubo ururin nadiif ah, tuur sifeeyaha, ka dibna ku dar wax kaydinta.

Mar kale tuubbada geli centrifuge si aad ugu qasbeyso baqshadda dhaqidda xuubka.Tani waxay ka saari doontaa dhammaan wasakhda haray ee xuubka, taasoo ka tagaysa RNA kaliya oo ku xiran jelka silica.

Ka dib marka muunada la dhaqo, tuubada geli tuubo microcentrifuge nadiif ah oo ku dar bakhaar sare.

Ka dib waa la centrifud si ay ugu qasabto xuubka sare ee xuubka.Badbaadiyaha sare wuxuu ka saaraa fayraska RNA ee tiirka lafdhabarta wuxuuna helaa RNA nadiif ah oo ka madax banaan borotiinada, horjoogayaasha, iyo wasakhooyinka kale.

TALLAABADA 2

Isku-dhafan

Ka dib markii la soo saaro fayraska RNA, tallaabada xigta waa in la diyaariyo isku darka falcelinta ee kor u qaadida PCR.Tallaabadan, xooga saarida ayaa la isticmaalaa.Xalkan la ururiyey waa xal la isku daray oo ka kooban premix, reverse transcriptase, nucleotides, primer forward, reverse primer, TaqMan probe iyo DNA polymerase.

Ugu dambeyntii, si loo dhamaystiro isku darka falcelinta, qaabka RNA ayaa lagu daraa.Tuubooyinka waxaa isku qasan garaaca garaaca wadnaha, ka dibna isku darka falcelinta waxaa lagu shubaa saxanka PCR.Saxanka PCR wuxuu inta badan ka kooban yahay 96 ceel oo isku mar baadhi kara muunado badan.

TALLAABADA 3

Kordhinta PCR

Marka xigta, dhig saxanka mashiinka PCR, kaas oo asal ahaan ah wareegtada kulaylka.

RT-PCR-waqtiga-dhabta ah waxaa loo istcimaalay in lagu ogaado novel coronavirus 2019 iyadoo la kordhinayo isku xigxiga bartilmaameedka ee hiddasidaha RdrRP, hidda-wadaha E iyo hidda-wadaha N.Doorashada hidde-sidaha bartilmaameedku waxay ku xiran tahay habka asaasiga ah iyo baaritaanka.

Talaabada ugu horeysa ee RT-PCR waa dib u qoritaan.Qaybta koowaad ee DNA-da kaabaysa waa la farsameeyey, kaas oo uu bilaabay PCR reverse primer, kaas oo ku xidha qaybta dhammaystirka ah ee genome-ga fayraska.Dabadeed transcriptase reverse wuxuu ku darayaa nucleotides DNA 3′dambe ee asaasiga ah si uu u soo saaro DNA kaabaya RNA fayraska.Heerkulka iyo muddada tallabadani waxay ku xidhan tahay furayaasha, RNA bartilmaameedka, iyo qoraalka qoraalka ah ee la isticmaalay.

Marka xigta, tillaabada denaturation ee bilowga ah ayaa lagu dabaqaa, taas oo keenta diidmada isku-dhafka RNA-DNA.Tallaabadani waxay lagama maarmaan u tahay in la dhaqaajiyo polymerase DNA.Isla mar ahaantaana, qoraalka qoraalka ah ee rogaal celiska ah waa damqanyahay.

PCR wuxuu ka kooban yahay wareegyo kulayleed oo taxane ah.Wareeg kasta wuxuu ka kooban yahay denaturation, annealing iyo tallaabooyinka fidinta.

Tallaabada denaturation waxay ku lug leedahay kuleylinta qolka falcelinta ilaa 95 darajo Celsius iyo u isticmaalida diidmada qaab-dhismeedka DNA-ga laba-geesoodka ah.

Talaabada xigta, heerkulka falcelinta waa la dhimay ilaa 58 darajo Celsius, taasoo u oggolaanaysa soo-saare hore inuu daboolo qaybta dhammaystirka ah ee qaab-dhismeedkiisa DNA-da ee hal-xidhaale ah.Heerkulka ciribtirka ayaa si toos ah ugu xiran dhererka iyo ka kooban yahay furaha.

Talaabada fidinta, polymerase-ka DNA-da waxa uu soo saara xardh DNA cusub oo kaabaya suunka DNA-ga.Adigoo ku daraya nuklei kaabaya qaab-dhismeedka 5′ilaa 3′jihada bilaashka ah ee isku dhafka falcelinta.Heerkulka talaabadani waxay kuxirantahay polymerase DNA-ga la isticmaalo.

Ka dib wareegga koowaad, bartilmaameedka DNA-da laba-geesoodka ah ayaa la helaa.

Kadibna, geli wareegga labaad.DNA-da laba-geesoodka ah ayaa laga saaray si ay u soo saarto laba unug oo DNA ah oo hal xadhig leh.

Talaabada xigta, heerkulka falcelinta ayaa hoos loo dhigayaa, aasaasayaasha waxaa lagu dhejiyaa qaab DNA-da hal-xidhaale kasta, iyo baaritaanka Taq-man waxaa lagu dhejiyay qaybta dhammaystirka DNA-da bartilmaameedka.

Baaritaanka TaqMan wuxuu ka kooban yahay fluorophore si wadajir ah ugu xiran 5'dhamaadka baaritaanka oligonucleotide.Marka uu ku faraxsan yahay isha iftiinka ee baaskiil-wadaha, fluorophore-ku waxa uu sii daayaa fluorescence.Intaa waxaa dheer, baaritaanku wuxuu ka kooban yahay damiyeyaal ku yaal 3′dhamaadka.U dhowaanshaha hidda-wadaha wariyaha ee dab-demiska ayaa ka hortagaya in la ogaado fluorescence.

Talaabada fidinta, polymerase DNA-ga ayaa soo saara xadhig cusub.Marka polymerase uu gaaro baaritaanka TaqMan, hawlihiisa 5'nuclease ee ugu dambeeya ayaa kala gooya baaritaanka, isaga oo kala sooca dheeha iyo demiyaha.

Wareeg kasta oo PCR ah, unugyo badan oo dheeha ayaa la sii daayaa, taasoo keentay kororka xoojinta fluorescence ee u dhiganta tirada amplicons la sameeyay.

Habkani wuxuu ogolaanayaa in la qiyaaso tirada isku xigxiga ee ku jira muunada.Tirada jajabyada DNA-da ee labanlaaban ayaa labanlaabmaya wareeg kasta.Sidaa darteed, PCR waxaa loo isticmaali karaa in lagu falanqeeyo muunado aad u yar.

Si loo cabbiro signalka fluorescent, tungsten halogen lamp, filter excitation, reflector, lens, filter filter, iyo dallacaadda isku xidhan ee isticmaalka aaladda CCD.

TALLAABADA 4 Ogow

Si loo cabbiro signalka fluorescent, tungsten halogen lamp, filter excitation, reflector, lens, filter filter, iyo dallacaadda isku xidhan ee isticmaalka aaladda CCD.

Iftiinka la sifeeyay ee laambadda waxa ka tarjumaysa milicsada, waxa uu dhex maraa muraayada kondenser-ka, waxana uu diiradda saarayaa badhtamaha dalool kasta.Dabadeedna fluorescence-ka ka soo baxaya godka ayaa ka soo muuqanaya muraayadda, waxa uu dhex maraa filtarka qiiqa, waxaana ogaanaysa kamaradda CCD.Wareeg kasta oo PCR ah, iftiinka fluorophore-ka ee iskicsada waxaa lagu ogaan karaa CCD.

Waxay u beddeshaa iftiinka la qabtay xogta dhijitaalka ah.Habkan waxa loo yaqaan PCR-waqtiga-dhabta ah, waxana uu ogolaanayaa la socodka wakhtiga dhabta ah ee horumarka falcelinta PCR.